موزه هنرهای دینی امام علی دارای ۴ طبقه است. . تاسیسات، نمازخانه، مخازن موزه و انبار‌ها در طبقه زیرین همکف قرار گرفته است. کافه گالری و واحد اداری موزه در طبقه همکف قرار دارد، هچنین این طبقه دارای نمایشگاه‌های ادواری بوده که به هتل مینا تهران عنوان مثال، اصل پرده کعبه که به ایران هدیه داده شده در این بخش به نمایش در آمده است. در طبقه اول تابلوهای نقاشی معاصر و در طبقه دوم آثار خوشنویسی قرار دارد؛ سالن اجتماعات یا سرسرای نور نیز با ظرفیت حدود ۱۰۰ نفر پذیرای همایش‌های هنری، نشست‌های تخصصی، مراسم افتتاحیه و برنامه‌های مشابه است. از ویژگی‌های موزه اختصاص ۱۴۰۰ متر فضا به گالری جهت برپایی نمایشگاه‌های هنرمندان و آثار شاخص هنری است. گالری‌های موزه در ۳ طبقه با گنجایش، ظرفیت، و معماری متفاوت برای آثار هنری طراحی شده است. این نوع طراحی فضایی را فراهم می‌آورد تا گالری‌ها هم به‌صورت نمایشگاه‌های یکپارچه و هم به‌صورت مستقل در هر طبقه برای هر کاربرد داشته باشد. باغ و عمارت سپهسالار به جهت معماری و زیبایی خاصی که داشت، همواره مورد توجه دربار بوده و علاوه بر پذیرایی از میهمانان داخلی، رزرو هتل مینا تهران از میهمانان خارجی نیز در آنجا پذیرایی صورت می‌گرفت. عمارت بهارستان تا انقلاب مشروطه و تشکیل مجلس شورای ملی در اختیار دربار بود. هنگامی که فرمان مشروطیت از طرف مظفرالدین شاه صادر شد، مورخان و منجمان و شاعران جمع شده و کلمه «عدل مظفر» را برای تاریخ تاسیس مجلس(۱۳۲۴.ق) تهیه کردند.